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二氧化碳濃度控制
二氧化碳濃度可以通過紅外傳感器（IR）或熱導傳感器（TC）進行測量。兩種傳感器各有優(yōu)缺點。
熱導傳感器監(jiān)控CO2濃度的工作原理是基于對內腔空氣熱導率的連續(xù)測量，輸入CO2氣體的低熱導率會使腔內空氣的熱導率發(fā)生變化，這樣就會產(chǎn)生一個與CO2濃度直接成正比的電信號。
TC控制系統(tǒng)的一個缺點就是箱內溫度和相對濕度的改變會影響傳感器的精確度。當箱門被頻繁打開時，不僅CO2濃度，溫度和相對濕度也會發(fā)生很大的波動，因而影響了TC傳感器的精度。當需要精確的培養(yǎng)條件和頻繁開啟培養(yǎng)箱門時，此控制系統(tǒng)就顯得不太適用了。
紅外傳感器（IR）它是通過一個光學傳感器來檢測CO2水平的。IR系統(tǒng)包括一個紅外發(fā)射器和一個傳感器，當箱體內的CO2吸收了發(fā)射器發(fā)射的部分紅外線之后，傳感器就可以檢測出紅外線的減少量，而被吸收紅外線的量正好對應于箱體內CO2的水平，從而可以得出箱體內CO2的濃度。
相對濕度
箱內濕度對于培養(yǎng)工作來說是一項非常重要然而又經(jīng)常被忽略的因素。維持足夠的濕度水平并且要有足夠快的濕度恢復速度（如在開關門后）才能保證不會由于過度干燥而導致培養(yǎng)失敗。
目前大多數(shù)的二氧化碳培養(yǎng)箱是通過增濕盤的蒸發(fā)作用產(chǎn)生濕氣的（其產(chǎn)生的相對濕度水平可達95%左右，但開門后濕度恢復速度很慢）。盡量選擇濕度蒸發(fā)面積大的培養(yǎng)箱，因為濕度蒸發(fā)面積越大，越容易達到最大相對飽和濕度并且開關門后的濕度恢復的時間越短。
污染物的控制
二氧化碳培養(yǎng)箱的90℃濕熱滅菌循環(huán)通過了英國健康保護所（HPA）評估，證明這是一個使真菌、細菌孢子和營養(yǎng)細胞失活的有效方法。
污染是導致細胞培養(yǎng)失敗的一個主要因素，二氧化碳培養(yǎng)箱的制造商們設計了多種不同的裝置去減少和防止污染的發(fā)生，其主要途徑都是盡量減少微生物可以生長的區(qū)域和表面，并結合自動排除污染裝置來有效防止污染的產(chǎn)生。
例如，鑒于CO2培養(yǎng)箱在使用過程中有時會伴有霉菌生長，為確保培養(yǎng)箱免受污染且保證儀器箱體內的生物清潔性，有些公司開發(fā)設計了帶有紫外消毒功能的CO2培養(yǎng)箱；還有公司設計ULPA高效濾器能過濾培養(yǎng)箱內空氣，可過濾除去99.97%的0.3um以上的顆粒；此外，90?C濕熱滅菌裝置可以殺死箱內所有污染微生物，甚至芽孢等耐高溫微生物，這些裝置對于細胞培養(yǎng)來說是更有安全保障的。
使用注意事項
1.儀器應放置在平整的地面上，環(huán)境應清潔整齊，干燥通風；
2.不可將流入氣體壓力調至過大，以免沖破管道；